回到基地后，晓峰始终对“末日方舟”组织的神秘人耿耿于怀。那些在实验室和沿途遭遇中频繁出现的身影，背后到底隐藏着怎样的秘密？这成为了悬在整个团队头顶的达摩克利斯之剑，不知何时会落下带来致命一击。
晓峰开始仔细梳理从实验室带回来的每一份文件和资料残片，不放过任何一个可能的线索。在那些模糊不清的字迹和图表中，他发现了一些频繁出现的代码和符号，这些看似毫无规律的组合，却隐隐透露出一种精心设计的秩序。经过几天几夜的钻研，晓峰终于破解了其中一部分信息，这些信息指向了一个位于城市边缘的旧工厂区。
与此同时，基地中的一些成员也陆续回忆起一些与神秘人有关的细节。有人曾在一次外出搜寻物资时，看到过神秘人车队朝着山区的方向行驶，而那片山区据说有一个废弃的军事研究基地；还有人提到，曾听到神秘人在交谈中提及一个“关键样本”，似乎是他们某项重要计划的核心所在。
晓峰决定兵分两路，一路由他亲自带领，前往城市边缘的旧工厂区；另一路则由老六带队，朝着山区的废弃军事基地进发。临行前，晓峰对队员们说：“这次行动充满未知，但我们不能坐以待毙。那些神秘人是我们生存的巨大威胁，我们必须揭开他们的秘密，找到他们的弱点，才能真正保障我们的安全。”
晓峰一行抵达旧工厂区后，发现这里看似荒废，实则暗藏玄机。工厂的大门紧闭，但周围却有新鲜的脚印和车轮痕迹。他们小心翼翼地潜入工厂内部，发现了一个隐藏在地下的实验室入口。沿着阴暗潮湿的楼梯走下去，刺鼻的化学药品味道扑面而来，实验室里摆满了各种奇怪的仪器和实验样本，其中一些样本上的标签显示着与丧尸和变异生物相关的基因序列。
在实验室的一间办公室里，晓峰找到了一本加密的日记本。通过一番努力，他解开了日记本的密码，里面的内容让他大吃一惊。原来，“末日方舟”组织早在末日来临之前就已经预见到了世界的危机，他们企图利用这场灾难来实现自已所谓的“人类进化计划”。他们在世界各地秘密设立了多个研究基地，收集各种生物样本进行基因改造和病毒实验，试图创造出一种具有超强适应能力和攻击力的新物种，以此来统治世界。
而在山区的废弃军事基地，老六等人也有了重大发现。他们在基地的一个地下仓库中，发现了大量被囚禁的幸存者。这些幸存者都是被神秘人抓来作为实验对象的，他们的身体出现了不同程度的变异反应，痛苦不堪。老六等人在解救幸存者的过程中，遭到了神秘人的袭击。经过一番激烈的战斗，他们成功击退了敌人，并从一名被俘虏的神秘人口中得知，他们的最终目标是在三天后的一场特殊天文现象发生时，进行一次大规模的病毒投放实验，届时整个地区都将陷入一场无法控制的灾难之中。
老六立刻将这个消息传给了晓峰。晓峰深知时间紧迫，他带领队员们迅速撤离旧工厂区，与老六等人会合后，开始制定应对计划。他们决定先发制人，在神秘人进行病毒投放实验之前，摧毁他们的主要研究设施和病毒样本库。
经过一番周密的部署，晓峰等人发起了进攻。他们与神秘人在各个据点展开了激烈的战斗。神秘人凭借着先进的武器和经过基因改造的手下，给晓峰等人造成了不小的麻烦。但晓峰团队在多次生死考验中培养出的默契和顽强斗志，让他们逐渐占据了上风。
在关键时刻，晓峰利用自已的“幻影迷踪”技能和“雷霆之力”，突破了神秘人的防线，找到了病毒样本库的位置。他毫不犹豫地引爆了事先准备好的炸药，将整个样本库夷为平地。随着一声巨响，神秘人的计划也随之灰飞烟灭。
这场战斗虽然让晓峰等人付出了惨重的代价，但他们成功阻止了神秘人的阴谋，拯救了无数幸存者的生命。回到基地后，晓峰望着疲惫但坚强的队员们，心中感慨万千。他知道，末日的危机依然存在，但他们已经向生存迈出了坚实的一步。未来的路还很长，他们将继续在这片废墟上，为了生存和希望而不懈奋斗。
